Vào lúc 1:25 ngày 16 tháng tư JST (16:25 UTC,15 tháng tư ), một trận động đất 7,0 độ richter bên dưới Kumamoto, trên đảo Kyushu ở phía tây nam Nhật Bản, xảy ra như là kết quả đứt gãy địa chất ở độ sâu nông.[2] tổn thất về người và của đã tăng lên đáng kể xảy ra ở những khu vực tỉnh Kumamoto từ trận động đất ngày 14 tháng tư; 14 trận động đất, với chấn động mạnh và thiệt hại cũng được ghi nhận về về phía đông như thành phố Beppu tỉnh Oita.[18] Nó cũng cảm nhận thấy phía xa đến Busan, Hàn Quốc, với cường độ III MMI.[2][19] Cảnh báo sóng thần đã được đưa ra vào lúc 1:27 JST cho các khu vực dọc theo Biển Ariake và Biển Yatsushiro, với chiều cao sóng, dự đoán là 0,2 đến 1 m (0,7 đến 3,3 ft),[17] nhưng bị dỡ bỏ ít hơn một giờ sau đó lúc 2:14 JST [20]

Ít nhất 32 người đã thiệt mạng và hơn 2.000 người khác bị thương.[21] Cảnh sát đã nhận được hơn 300 cuộc gọi ở Kumamoto và 100 cuộc gọi tại tỉnh Oita từ người dân cần được giúp đỡ; nhiều người đã bị mắc kẹt dưới đống đổ nát.[22] Hơn 91.700 người đã được sơ tán. Nhật bản huy động thêm 1.600 binh lính thuộc Lực lượng Phòng vệ Nhật Bản để tham gia các nỗ lực cứu trợ sau trận động đất.[23]